Gebaut wurde die Kirche nach Plänen des Dombaumeisters und „Vaters des deutschen Denkmalschutzes“ Prof. Josef Schmitz. Die Ausstattung erstellten die Gebrüder Heinz, Matthäus d.J. und Rudolf Schiestl. Von ihnen stammen Triumphkreuz und der Kämpferbalken, der Hochaltar und der Marienaltar und unter Beteiligung von Gürtlermeister Joseph Amberg in Würzburg der Herz-Jesu-Altar, die Kommunionbank und Kanzel, die 14. Kreuzwegstationen, die Beicht- und Betstühle, die Sakristeieinrichtungsgegenstände, die Messbuchpulte und die „Ewig-Licht-Lampe“.

Die Kirche ist eine Stiftung der Margaretha Kiesel und deren Bruder, Dr. Johannes Kiesel (ehemaliger Stiftspfarrer zu Aschaffenburg). Für diese beiden Stifter stehen im Chorraum der Kirche die Glasfenster, die von Hofmaler Franz Xaver Zetteler in München gefertigt wurden.

Grünmorsbach war am Ende des 19. Jahrhunderts bettelarm und durch den Kauf und den Umbau der alten Schule sowie den Bau des Friedhofs 1892 hoch verschuldet. Eine große Anzahl an glücklichen Zufällen verhalf Grünmorsbach dennoch zu einer eigenen Kirche.
Kaplan Johannes Dümler sah Grünmorsbacher Gläubige im Mai 1895 eine Betstunde auf offener Straße vor einem „armseligen Bildstöckchen“ in der Dorfstraße halten, trug es dem zuständigen Pfarrer Schweinfest (in Schweinheim) vor und warb für eine Lourdesgrotte für Grünmorsbach. Zusätzlich besuchte Dümler die Schwester des verstorbenen Aschaffenburger Stiftspfarrers Johannes Kiesel in Würzburg, um bei ihr um Spenden zu bitten. Dümler erreichte zusammen mit dem Domkapitular Franz Emmerich, dass Margaretha Kiesel zunächst die Kosten für eine Lourdesgrotte, dann für eine Kapelle und auf Intervention von Bischofs Franz Joseph von Stein schließlich alle Kosten für den Bau der Kirche inklusive Bauplatz, die innere Einrichtung und einem Fond von 6000 Mark übernahm.

Der zuständige Pfarrer, Johannes Schweinfest in Schweinheim, sah sich wegen Problemen mit den Behörden gezwungen, die Kirche nicht als öffentliches Gebäude zu errichten. Er baute das Gotteshaus als Privatmann und schenkte es in der ersten Sitzung der neugewählten Kirchenverwaltung am 12. Januar 1902 der Kirchenstiftung Grünmorsbach. Die Schenkung beinhaltete das Gebäude, den Bauplatz, alle Einrichtungen sowie einen Baufond. 

Margaretha Kiesel konnte die Grundsteinlegung für „ihre“ Kirche nicht miterleben. Sie starb genau sechs Tage vorher. Zu Ehren der Kiesels wurde die Kirche auf St. Margareta und St. Johannes d. T. am 10. Oktober 1899 durch Bischof Ferdinand von Schlör geweiht. Die Tatsache, dass die Kirche eine Stiftung ist, sicherte ihren Bestand auch beim Neubau der neuen Johanneskirche im Jahr 1974.
Die Ausstattung der Kirche ist heute noch ein Gesamtkunstwerk. Gudrun Berninger schreibt in ihrem Bericht „Auf den Spuren des Würzburger Bildhauers Heinz Schiestl am Untermain“ im Jahr 1993: „Die Zusammenarbeit zwischen Architekt, der auch die Ausstattungsgegenstände stilgetreu entwarf und den Ausstattern ist in Grünmorsbach auf vorzüglichste Weise gelungen. Die Grünmorsbacher sind um dieses Kleinod wahrhaftig zu beneiden“.

 Die Kirche steht unter Denkmalschutz. D-6-71-124-14 Kath. Filialkirche St. Johannes Bapt. und St. Margareta,
neuromanisch, 1898-99 von Joseph Schmitz.